Router (config-subif) #encapsulation dot1q 2 #####Esto lo convierte en troncal.
Router (config-subif) #ip address 192.168.0.1 255.255.255.0 ###Suponemos que pusimos los equipos de la vlan 2 en este rango
Router (config-subif) #exit
Router (config) # interface GigabitEthernet 0/0.2
Router (config-subif) #encapsulation dot1q 3
Router (config-subif) # ip address 192.168.1.1 255.255.255.0
Router (config-subif) # exit
Router (config) # interface GigabitEthernet 0/0
Router (config-if) # no shutdown ########Activamos la inteface para que funciones, por defecto vienen en shutdown.
Bien con esto ya queda configurada la interface para las dos Vlan, evidentemente si hubiesemos creado más iriamos repitiendo el proceso con interface ..... 0/0.3 etc.
Espero que la breve explicación sea suficiente.